金魚にとって水は、人間にとって空気と同じです。意外と大事です。
金魚な軟水で中性の水を好むと言われています。日本の水道はこれに該当しますので、水道水を使っていればほぼ大丈夫です。
雨水については、空気中の汚れ等がかなり溶け込んでいると思いますし、最近では酸性雨の問題などもありますし空気中の浮遊物(排気ガス、光化学スモック、ゴミ等の浮遊物)も溶け込んでいると思われ、雨水は危険ではないかと思います。
他にも雨水は超軟水(ミネラルが極端に少ない、またはゼロ。)だそうです。ミネラル0では向かないと思われます。